Lo sterminio da parte di Dio non è strano nella Bibbia, anzi è normale sia nell'Antico Testamento sia nel Nuovo Testamento.
È la reazione perenne di Dio di fronte a tutto quello che non lo glorifica come Dio.
Nessun innocente fu sterminato, in quanto tutti sono colpevoli davanti a Dio.
Israele non subì lo stesso fine, non perché non lo meritava, ma per la grazia di Dio, come i versetti seguenti spiegano ( Dt 7,6-8 ).
A volte Dio rimanda lo sterminio per dare tempo per il ravvedimento, e offre una via di uscita per cui vuole unirsi al suo popolo invece di opporsi a Dio ( Dt 20,10-20 ) ma nel caso particolare di questo brano non era più possibile rimandare.
Aveva già rimandato tanto ( Gen 15,13-16 ), e non voleva lasciare una tentazione a Israele che doveva occupare quel territorio.
La situazione è uguale per noi, in quanto tutti noi saremo sterminati per la nostra ribellione contro Dio.
Però Dio nella sua misericordia mostra grazia ad alcuni perdonando e salvandoli.
E Dio stesso, nella persona di Gesù, ha subito lo sterminio e la distruzione che spettavano a noi, affinché noi potessimo godere il suo privilegio di fare parte del popolo di Dio invece di suo nemico, mentre il Figlio di Dio è diventato il nemico di Dio ( 2 Cor 5,21 ).
Vedi la domanda generale, "Come si possono spiegare tutte le strage commesse da Dio?".