La "volontà di Dio" è un'espressione che è usata in diversi modi nella Bibbia.
C'è la volontà sovrana di Dio, cioè che quello che vuole che succeda succede sempre ( Sal 115,3 ).
Poi c'è la volontà morale di Dio, quello che è giusto che succeda ( per esempio Rm 12,2 ).
E c'è la volontà di Dio nel senso del suo desiderio, quello che sarebbe bello se succedesse, anche se Dio decide di fare un'altra cosa.
"Dio vuole" in 1 Tm 2,4 in questo terzo senso.
Dio non prova nessun piacere per la morte del peccatore, ma vuole che si converta e viva ( Ez 18,31-32 ).
Dio vorrebbe che tutti siano salvati, ma nella sua volontà sovrana, per diversi motivi, ha deciso che non tutti saranno salvati.
Non possiamo sapere quali siano tutti questi "diversi motivi", perché fanno parte del consiglio nascosto di Dio, le cose non rivelate ( Dt 29,28 ) e giudizi inscrutabili ( Rm 11,33 ).
Ma saranno perché c'è un beneficio ancora più grande dal fatto che non tutti sono salvati, per esempio la gloria di Dio e rivelazione di tutto il suo carattere ( Rm 9,22-23 ) e per far glorificare Gesù Cristo.
Vedi i commenti su Romani 5,18-19; Filippesi 2,10; Colossesi 1,20.